Das Besteuerungsrecht (Einkommensteuer, Kirchensteuer und derzeit Solidaritätszuschlag) für Grenzgänger steht grundsätzlich Deutschland zu. Der schweizerische Arbeitgeber behält jedoch eine Quellensteuer in Höhe von 4,5% des Bruttolohnes ein. Eine Begrenzung der schweizerischen Quellensteuer auf 4,5% tritt aber nur dann ein, wenn dem Lohnbüro eine Ansässigkeitsbescheinigung vorliegt. Diese Bescheinigung erhält der Grenzgänger beim Wohnsitzfinanzamt.

Grenzgänger, welche im 2- oder 3-Schicht-Modell arbeiten, müssen die monatlichen Zeitauswertungen sammeln und der jährlichen Steuererklärung beifügen, da dies die Berechnung der Steuer beeinflusst. Einige wenige Finanzämter akzeptieren die Zeitauswertungen nicht als Nachweis. Die betroffenen Grenzgänger erhalten auf Verlangen vom Personalbüro eine Bestätigung über die Anzahl der Tage, an welchen sie in der 2. oder 3. Schicht gearbeitet haben.